Fu cantore e virtuoso di diversi strumenti tra cui l'organo. Sono famosi i suoi libri di toccate pubblicati tra il 1615 e il 1627 e nella cui prefazione anticipa la maniera di suonare con affetti cantabili che sarà poi tipica del successivo melodramma.Trasferitosi a Roma in giovane età , frequentò l'Accademia di Santa Cecilia e fu organista a Santa Maria in Trastevere. Fu per vent'anni organista in San Pietro. Ebbe cinque figli da Orsola del Pino, sposata nel 1613.Dopo una deludente e breve parentesi presso il duca di Mantova, e terminata momentaneamente l'esperienza romana, si trasferì 1628 con la famiglia a Firenze. Qui pubblicò (1630) due raccolte di arie: il primo e il secondo Libro d'Arie musicali per cantarsi nel Gravicembalo e Tiorba a una, due o tre voci.Il suo "Primo libro de' madrigali a cinque voci" era stato pubblicato ad Anversa nel 1608; Frescobaldi aveva seguito a Bruxelles (allora importante centro per lo studio del clavicembalo) il nunzio pontificio in Fiandra Guid